Das Konfliktmanagement der FAU hat das Ziel, ein positives Arbeitsklima unter den Beschäftigten der FAU zu schaffen, indem eine wertschätzende Kommunikationskultur herrscht. Zum Beispiel durch präventive Maßnahmen wie Schulungen, der Schaffung einer Feedback-Kultur, Klärung von Rollen, Verantwortungen und Erwartungen und durch die Achtung von Persönlichkeitsrechten. Um dieses Ziel zu gewährleisten, setzt sich der Arbeitskreis Konfliktmanagement aus Vertretern verschiedener Anlaufstellen zusammen und wird dabei durch die Konfliktberatungsstelle koordiniert.
Die Konfliktberatungsstelle ist die relevante Stelle, sollte es im beruflichen Kontext Konflikte geben, die eigenständig nicht mehr gelöst werden können. Außerdem koordiniert sie die verschiedenen Anlaufstellen bei Konflikten, zu denen auch der Familienservice zählt. Weitere Aufgaben sind: Die konzeptionelle Weiterentwicklung des Konfliktmanagements, die unabhängige und neutrale Beratung zum Umgang mit Konfliktsituationen, die vertrauliche und ergebnisoffene Fallbegleitung durch Coaching und Mediation, die Vermittlung von externen Mediatoren und Coaches sowie die Planung und Durchführung präventiver Maßnahmen.